小小亦儿
重新测序的意思么?也对，因为基因组序列已知啦，但是由于个体的不同就有了差异性，所以需要对不同的个体进行测序哦，并且在此的基础上，对个体或者群体的差异性进行分析。全基因组重测序的个体，通过序列比对，可以找到大量的单核苷酸多态性位点（SNP），插入缺失位点（InDel，Insertion/Deletion）、结构变异位点（SV，Structure Variation）位点和拷贝数变异位点（CNV，copy number variation)。然后经过注释，就能得到很多很多有用的信息，具有辣么辣么大（比我的脸大很多）的科研和产业价值。她的英文名叫英文名为Genome Re-sequencing哦。 一看，就不是英语。一查，原来是拉丁文。也叫从头测序（这多好，通俗易懂。）牛逼的是不要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序，通过生物信息学分析手段对序列进行拼接，组装，就可以获得该物种的基因图谱了。嗷~~厉害了。所以我们一猜他就是应用于从头解析未知物种的基因组序列、基因组成、进化特点等 顾名思义，它就是通过序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。因为外显子相对少啊，所以成本低啊，对研究已知基因的SNP、Indel等具有较大的优势，但无法研究基因组结构变异如染色体断裂重组等。一会儿我告诉你啥叫SNP、Indel、基因组结构变异噻。 转录组测序技术，就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来。反映出它们的表达水平。 Illumina公司提供的mRNA测序技术可在整个mRNA领域进行各种相关研究和新的发现。mRNA测序不对引物或探针进行设计，可自由提供关于转录的客观和权威信息。 研究人员仅需要一次试验即可快速生成完整的poly-A尾的RNA完整序列信息，并分析基因表达、cSNP、全新的转录、全新异构体、剪接位点、等位基因特异性表达和罕见转录等最全面的转录组信息。简单的样品制备和数据分析软件支持在所有物种中的mRNA测序研究 从前有三个人micro RNAs、siRNAs和 pi RNAs，他们都叫Small RNA（和谐创造美好未来，三人用一名儿也是很可以），他们是生命活动重要的调控因子，在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。 Illumina能够对细胞或者组织中的全部Small RNA进行深度测序及定量分析等研究。 实验时首先将18-30 nt范围的Small RNA从总RNA中分离出来，两端分别加上特定接头后体外反转录做成cDNA再做进一步处理后，利用测序仪对DNA片段进行单向末端直接测序。通过Illumina对Small RNA大规模测序分析，可以从中获得物种全基因组水平的miRNA图谱，实现包括新miRNA分子的挖掘，其作用靶基因的预测和鉴定、样品间差异表达分析、miRNAs聚类和表达谱分析等科学应用。 Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing，简称ATAC-seq。即运用测序手段研究转座酶可接近的染色质区域的实验。关键词：测序，转座酶可接近染色质，转座酶能接近的区域，也就是处于开放状态的区域，这也是本实验的关键所在，测序和染色质开放区域。 核小体连接致密的地方，转座酶不能进入，而松散的区域，转座酶能够进入并切割下暴露的DNA并同时连接上特异性的adapters，连接上adapters的DNA片段被分离出来，用于二代测序。因此，ATAC-seq得到的，是全基因度尺度上处于开放状态的染色质区域。 获得了开放区域能干啥，预测上面结合的转录因子啊！ ATAC-seq概念来自于 将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。 原理如→：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建； 然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上， 从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。 能干下面这些事： （1）判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰； （2）检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位； （3）研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系； （4）CTCF转录因子研究。 ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度，可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息，一般用于不知道特定的转录因子，用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子；但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么，根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA，验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用。 RNA Immunoprecipitation，是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能帮助我们发现miRNA的调节靶点。 这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。 它对象（研究对象，不是女朋友！）是RNA-蛋白复合物不是DNA-蛋白复合物。 RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同（如复合物不需要固定，RIP反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有RNA酶，抗体需经RIP实验验证等等）。RIP技术下游结合microarray技术被称为RIP-Chip， 帮助我们更高通量地了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。 (2) Metagenomics研究不需要！不需要！不需要分离单个细菌，所以可以研究那些不能被实验室分离培养的微生物。 下面念经模式： 宏基因组是基因组学一个新兴的科学研究方向。宏基因组学（又称元基因组学，环境基因组学，生态基因组学等），是研究直接从环境样本中提取的基因组遗传物质的学科。传统的微生物研究依赖于实验室培养，元基因组的兴起填补了无法在传统实验室中培养的微生物研究的空白。过去几年中，DNA测序技术的进步以及测序通量和分析方法的改进使得人们得以一窥这一未知的基因组科学领域。 一般称为SD区域，串联重复是由序列相近的一些DNA片段串联组成。 串联重复在人类基因多样性的灵长类基因中发挥重要作用。 在人类染色体Y和22号染色体上，有很大的SD序列。 在测序过程中，横跨缺失位点及剪接位点的reads回帖到基因组时，一条reads被切成两段，匹配到不同的区域， 这样的reads叫做soft-clipped reads 一些工具根据统计模型，如将这类reads分配给reads较多的区域 1.拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。 2.Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs。将所有的Contig长度相加，能获得一个Contig总长度。然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序，如获得Contig 1，Contig 2，Contig 3...………Contig 25。将Contig按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Contig总长度的一半时，最后一个加上的Contig长度即为Contig N50。举例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3+Contig 4=Contig总长度*1/2时，Contig 4的长度即为Contig N50。Contig N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。 总而言之： 1.Contig就是reads之间的重叠区拼接获得的序列！ 2.就是将不同长度的Contig从长到短排序，一次相加，加到总长的1/2时的Contig就是Contig N50。 1.基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs后， 往往还需要构建454 Paired-end库或Illumina Mate-pair库，以获得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）两端的序列。基于这些序列，可以确定一些Contig之间的顺序关系，这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold。 就是知道顺序的Contigs组成Scaffold！！ 1.测序深度是指测序得到的 总碱基数/待测基因组。 假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20M。 2.覆盖度是 测序获得的序列/整个基因组。 由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域，这部分没有获得的区域就称为Gap。例如一个细菌基因组测序，覆盖度是98%，那么还有2%的序列区域是没有通过测序获得的。 如果对应特定基因的话，那么就是每1000000 mapped到该基因上的reads中每kb有多少是mapped到该基因上的exon的read
时间不等人了
英语Throughput怎么翻译？——答案：产 量；吞 吐 量。
throughput
一、音标：
英 ['θruːpʊt]
美 ['θruːpʊt]
二、详细解释：
n. (名词)
1.生 产 量
2.生 产 能 力
3.生 产 率
4.【计】吞 吐 量
5.总 处 理 能 力
6.接 待 人 数
7.处 理 量
8.物 料 通 过 量
9.计 算 机 解 题 能 力
10.通 过 量
11.解 题 能 力
12.产 品 的 生 产 及 销 售
13.容 许 能 力
三、双语例句：
用作名词 (n.)
1.The average daily throughput was 1, 370 tons of ore.日 平 均 产 量 为 一 千 三 百 七 十 吨 矿 砂。
2.Arbitration enhancement also provides that we have better system throughput since control is passed more efficiently.自 从 控 制 更 高 效 地 被 传 递，仲 裁 改 进 也 规 定 我 们 有 更 好 的 系 统 产 量。
3.In recent years,The throughput of this port increase forty percent.近 年 来，这 个 港 口 的 吞 吐 量 增 加 了 五 分 之 二。
4.The Port reaches an annual throughput of 6.5 million tons.这 个 港 口 年 吞 吐 量 达 六 百 五 十 万 吨。
四、词汇搭配：
throughput rate 吞 吐 率
throughput capacity 物 料 通 过 量
throughput efficiency 生 产 率, 通 过 率
channel throughput 通 道 通 过 量, 通 道 吞 吐 量
maximum throughput 最 大 排 出 量
total throughput 总 解 题 能 力
transaction throughput 事 务 吞 吐 量
throughput accounting 产 量 会 计
throughput time 吞 吐 时 间
network throughput 网 络 流 通 量
berth throughput 泊 位 吞 吐 量
ideal throughput [计] 理 想 吞 吐 量
job throughput 作 业 处 理 能 力
rated throughput 额 定 通 过 量
simultaneous throughput 同 时 吞 吐 量
cotillardw
举个例子：Once you understand what the tightest bottleneck in your project is, you can do something to immediately improve the throughput.
翻译：一旦你了解了什么是你项目里最难办的瓶颈，你就可以做些什么来迅速提高生产量了。
The open platform of the system enables cement producers to use the best process optimization packages to increase plant throughput and productivity.
翻译：该系统的开放式平台使水泥生产商可以使用最佳的过程优化包来增加工厂的生产量和生产力。
希望我的回答能够帮到您，谢谢。
小小乖肉球
panel in中文1.pngpanel in中文2.png基因测序领域的panel似乎没有对应的中文翻译，连圈内人也会心生疑问。下面是丁香园论坛上的一个问题与回答:panel in question.png panel in answer.png那么问题来了，panel作为一个医学术语，连圈内人都会对它心生疑问，那么直接拿来用合适么?若不合适，又该怎么翻译它呢?2. 医学术语panel的意思遇到不懂的词就要查词典，查专业工具书，查互联网。panel这个词之所以被直接用在中文语境中，想必不是用的人懒，而是因为查一般的词典找不到适合医学语境的解释。例如，牛津高阶、美国传统之类的通用词典给它的解释是“板”(镶板、 嵌板、金属板、仪表板)或“一组人”(陪审团、专门小组)。这些释义怎么看都无法套用在测序技术中涉及的gene panel上。但是，去查医学词典，就会对panel这个词有比较明晰的理解。比如，medical-dictionary.thefreedictionary.com上提供的panel的释义:panel.png图中的意思是，在检验医学 (Lab medicine)中，panel指一组 (group) 或一套 (battery) 检测/测试 (tests)。用panel命名的成组/成套的检测有很多种，比如:Anemia panel, Bone/joint panel, Cardiac injury panel, Cardiac risk evaluation panel, Collagen disease and arthritis panel, Coma panel, Custom panel, Diabetes panel, Electrolyte panel, Electrolyte/fluid balance panel, General health panel, Hepatic function panel, Hepatitis panel, Hypertension panel, Kidney panel, Lipid panel, Liver panel, Metabolic disease panel, Metastatic disease panel, Neonatal panel, Neoplasm panel, Organ panel, Pancreatic panel, Parathyroid panel, Profile, Pulmonary panel,medical-dictionary.thefreedictionary.com上也提供了test panel这个词条，如下图:test panel.png意思是，test panel指实验室中用的与诊断相关的组，亦即一组诊断性的检测，与panel是同义。总结来说，panel就是指一组或一套检测，有时与test连用，表达同样的意思。3. panel的具体运用下面具体看几个含有panel的医学术语，以及它们的中文翻译和英语释义:序号 术语 释义 中文01 Basic Metabolic Panel (BMP) Agroup of eight tests used as a general screening tool. 基本生化(俗称“小生化”)02 Comprehensive Metabolic Panel (CMP) Agroup of 14 tests used as a general screening tool. 生化全项03 Lipid Panel (LP) Agroup of tests used to measure lipids, or fatty substances, in the body. The panel includes total cholesterol, types of cholesterol and triglycerides. 血脂套餐04 Liver/Hep Function Panel (HP) Agroup of tests used to detect and monitor liver disease or damage. 肝功套餐05 Obstetric Panel Agroup of blood tests performed before and during a pregnancy. 产科套餐关于上表中的几项生化检查，可参考:美国临床生化检查组套分哪几种?关于上表中的英语释义，可参考:Glossary of Medical Terms: Common Procedures and Tests先看上表中的前两个术语，它们对应的中文并没有翻译出panel这个词，整体算是意译了。再看后三个术语，panel译成了“套餐”。再看这几个术语的英语翻译，全都是 "a group of *** tests"。也就是说，一个panel是指一组tests(检测/测试)。上面的几个术语是由来已久的，中英文都已经深入人心(至少是圈内人的人心)。基因检测PANEL是高通量量基因检测和基因测序发展起来后用的一个词语，它是指在检测中不只是检测一个位点、一个基因。而是同时检测多个位点、多个基因.多个位点。这些位点和基因需要按照一个标准进行选择和组合，从而构成一个检测PANEL。因此基因检测PANEL可以翻译成为基因组合、基因集合。
