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启动子（promoter）是基因的一个组成部分,在遗传学中是指一段能使基因进行转录的脱氧核糖核酸（DNA）序列.启动子可以被RNA聚合酶辨认,并开始转录.在核糖核酸（RNA）合成中,启动子可以和决定转录的开始的转录因子产成相互作用,控制基因表达（转录）的起始时间和表达的程度,包含核心启动子区域和调控区域,就像“开关”,决定基因的活动,继而控制细胞开始生产哪一种蛋白质.完全的启动子称为规范序列 内含子（introns）是真核生物细胞DNA中的间插序列.这些序列被转录在前体RNA中,经过剪接被去除,最终不存在于成熟RNA分子中.内含子和外显子的交替排列构成了割裂基因.在前体RNA中的内含子常被称作“间插序列”.在转录后的加工中,从最初的转录产物除去的内部的核苷酸序列.术语内含子也指编码相应RNA内含子的DNA中的区域.
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启动子 :RNA聚合酶特异性识别和结合的DNA序列。promoter自然不属于intron和Exon的任何一个，属于noncodingsequence。 （1） 启动子位于转录起始位点TSS上游，没有明确的长度范围，但是有几个保守序列 ：启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游,启动子本身不被转录。但有一些启动子(如tRNA启动子)位于转录起始点的下游,这些DNA序列可以被转录。启动子一般位于转录起始位点的上游。 （2） 启动子区中的保守序列 ：在真核生物基因中，①Hogness等先在 珠蛋白基因 中发现了类似Pribrow区的Hogness区（Hogness box），这是位于转录起始点上游 -25 ~~ -30 bp 处的共同序列似TAAA，也称为TATA区。②另外，在起始位点上游 -70 ~~ -78 bp 处还育另一段共同序列CCAAT，这是与 原核生物 中-35bp区相对应的序列．称为CAAT区（CAAT box）。
noncoding RNA是现在研究的热点之一。我们常见的MiRNA,SiRNA,antisense RNA tech,这些都是属于ncRNA的范围。只要你在进一步问下：这些RNA是哪里来的？你就知道部分答案，跟那些看似跟编码蛋白没有关系的DNA序列有关系。这部分DNA有个统称就junk DNA，垃圾DNA或者冗余DNA，他们编码的RNA就属于 ncRNA.RNAi就是迄今最经典的ncRNA功能典范。
An exon is asequence of DNA that is expressed (transcribed) into RNA and then often, butwith many noteworthy exceptions[1] , translated into protein. Adjacent exons maybe separated by an intron, which is later removed from the RNAtranscript via the splicing mechanism. (From Wikipedia)
UTR（UntranslatedRegions)即非翻译区，是信使RNA（mRNA）分子两端的非编码片段。
5-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子，3-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的末端。
转录（Transcription）是遗传信息从DNA到RNA的转移。即以双链DNA中的一条链为模板，以ATP、CTP、GTP和UTP4种核苷三磷酸为原料，在RNA聚合酶催化下合成RNA的过程。
常见问题：
问：Promoter在DNA序列中是算内含子还是外显子？
答：都不是。属于noncoding sequence。
问：UTR在DNA序列中是算内含子还是外显子？
答：外显子。
问：起始密码子ATG在gene的哪个位置？
答：外显子内，CDS以ATG开始。
问：每个基因之间都有一定的间隔序列，这些基因间的间隔序列应该不属于内含子吧？
答：是的。属于noncoding sequence。
问：如何寻找启动子区域和预测转录因子结合位点？
答：见帖子
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