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区别1、不同的教学内容。
人教PEP这是一本由人民教育出版社出版的英语教科书。这本教科书是为三年级开始用的。人教版是小学、小学英语学生用书，也可以说人教版是人教版的一个分支。而人教版精通有各科，教学内容较为全面。
区别2、不同的教学要求。
pep中华人民共和国教育部专业出版社直属。主要承担基础教材及其他各类教材、教辅图书的学习、编写、出版和发行工作。而人教版精通设有语文、数学、外语等20多个学科编辑室、课程材料研发中心。
区别3、不同的教材的难易程度。
PEP小学三年级英语的出发点是人民教育出版社出版的教学工作，用精彩的动画故事和儿歌生动地展示了语言情境，让孩子们看得开心，学得轻松。而人教版精通的它是从小学一年级到高中都有教材，贯穿整个学习生涯，难易程度都是由易到难。
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人教版还有北师大版、冀教版、苏教版、语文版、鄂教版、鲁教版、沪教版、浙教版、河大版等等。人教版即由人民教育出版社出版的教材版本,人教版教材涵盖小学到高中的内容,是大多数学校所用的教材。人教版的教材可以说之分两个版本，也可以说只有人教版一个版本。说是两个版本，是有三科情况特殊，是经过教育部审定的，语文、历史、道德与法治（思想品德），三科是新版本，就是大家常说的部编版。这是相对同样是人教社出的旧版而言的，旧版的人教版语文历史和思品，2019年下学期已经退出舞台。
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人教PEP版的是初等的、小学英语使用的学生书。因此也可以说人教PEP版是人教版的一个分支。人教PEP是人民教育出版社出版的一种英语教材。这种教材是供三年级起始用的。人教PEP版的很人教版本的还是存在着差异。
人教版是由人民教育出版社出版的，因此简称为人教版。小学到高中都会有这个版本的教材。也是大多数学校所用的教材。“人教版”一般是就教科书意义而言的，是相对于其他出版社出版的教科书而言的。
两者版本的区别是：这两个版本名称均是配合由人民教育出版社出版的教科书的报纸，是新课改前后的版本名称。随着新课改的深入，前者逐渐退出历史舞台，已经很少使用和出现了;后者便是为了统一称为人教版。
人教版即由人民教育出版社出版，简称为人教版。小学到高中都有这个版本的教材。也是大多数学校所用的教材。“人教版”一般是就教科书意义而言的，是相对于其他出版社出版的教科书而言的。
如长春出版社出版的教科书称为“长春版”、广东教育出版社出版的教科书称为“粤教版”、上海教育出版社出版的教科书称为“沪教版”。因此，“人教版”指的是由人民教育出版社出版的教科书版本。
