海泉老师心理咨询师

亲，你好~ 关于系统净化树，我以前在就读生物信息学的时候做个简易的系统发育树，使用的是clustal X和MEGA软件。构建的发育树也就是系统进化树、物种树(speciestree)、基因树等等一些相同或含义略有差异的名称。你可以在丁香园和小木虫里面发个求助贴，里面高手多。 系统发育树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。这个需要看你的构建的发育树具体参数怎么设置的。 用于构建系统发育树的数据有二种类型：一种是特征数据(characterdata)，它提供了基因、个体、群体或物种的信息；二是距离数据(distancedata)或相似性数据(similaritydata)，它涉及的则是成对基因、个体、群体或物种的信息。距离数据可由特征数据计算获得，但反过来则不行。这些数据可以矩阵的形式表达。距离矩阵(distancematrix)是在计算得到的距离数据基础上获得的，距离的计算总体上是要依据一定的遗传模型，并能够表示出两个分类单位间的变化量。系统发育树的构建质量依赖于距离估算的准确性。 我用MEGA做出来N——J法的发育树，做出来的树就很直观了，上面就已经清楚滴标示出你的目的基因属于哪个种属，一般不需要大量的分析。具体情况如下： 1.首先要确定代表株:为啥选那些作为代表，一般是选择经典的，有文献参考的或者地域或年份等特定特征 2.找出整个树的root 3.由根溯源，你的研究株在树中处于什么地位，与哪些株进化距离最近 4.统筹分析整个树，你选择哪部分片段构建的树，为什么这样选择，作出这样的树能揭示怎样的进化规律 5. 有没有相关文献资料以及实验结论对你的分析结果作支撑 这个是我以前参照的方法。详细情况你可以查查 生物信息学 这本书籍，里面有关于这个的详细介绍。