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中华人民共和国国家自然科学奖授奖等级根据候选人所做出的科学发现，从发现程度、难易复杂程度、理论学说上的创见性、研究方法手段的创新程度、学术水平、对学科发展的促进作用、对经济建设和社会发展的影响、论文被他人正面引用的情况、国内外学术界的评价和主要论文发表刊物的影响等方面进行综合评定。基本评定标准如下：（1）在科学上取得突破性进展，学术上为国际领先，并为学术界所公认和广泛引用，推动了本学科或者相关学科的发展，或者对经济建设、社会发展有重大影响的，可以评为一等奖。（2）在科学上取得重要进展，学术上为国际先进水平，并为学术界所公认和引用，推动了本学科或者其分支学科的发展，或者对经济建设、社会发展有较大影响的，可以评为二等奖。 
中华人民共和国国家自然科学奖的候选人应当是每项重大科学发现的主要论文或者专著的主要作者，并具备下列条件之一：（1）提出总体学术思想、研究方案；（2）发现重要科学现象、特性和规律，并阐明科学理论和学说；（3）提出研究方法和手段，解决关键性学术疑难问题或者实验技术难点，以及对重要基础数据进行系统收集和综合分析。
