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1 论文是你要发表的文章。2 专利,是你向国家申请要保护的技术方案。3 简单的来说就是这样。 
学位论文的话,这个不是专利,而是版权问题,首先你要看你写的学位论文是否是培养单位培养的方向,如果是,那么就是属于培养单位的。还有他们是否委托你写这篇学位论文的,如果是,那么也是那篇论文也是属于单位的。最后就是你写那篇论文是否利用了单位的培养经费、设备之类的,如果是,那么也是属于单位的。当然,你可以跟单位谈判,就是说你有署名权,或者要单位给与你多少奖金。这些都是法律允许的。
论文的格式要按审核要求的格式写。专利必须按照专利法和专利法实施细则的规定来写。两者的差别是非常大的。