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微生物在地球生态系统物质循环过程中作为分解者起着“天然环境卫士”的作用，而且微生物种类繁多，分布广泛，资源丰富，是人类最宝贵、最具开发潜力的资源库。在污染物的降解转化、资源的再生利用、无公害产品的生产开发、生态保护等方面，微生物都能发挥重要作用。 
微生物生态学是研究微生物与生物、非生物环境之间相互作用的现象、过程和机理。主要研究内容有：1 研究微生物生态学所用的传统和现代分子生物学方法；2 在正常自然环境中的微生物种类、分布及其随着不同的环境条件变化而发生的变化规律；3 在极端自然环境中的微生物种类和它们所起的作用，在极端环境中微生物的生命机理；4 在自然界中微生物之间的相互关系，微生物与动植物之间的相互关系，这些相互关系对自然界的影响和环境因素对这些相互关系的影响
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