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这主要看你学校的要求,一般本科生是不要求发论文的,你只要写好你的毕业论文就可以。而有的比较好的学校,严格要求本科生的或者你想要去进一步升学,那么发一篇论文是很必要的,也很增分儿。 
应该不会提交毕业设计(几千的中文论文他们看不懂,你也翻译不了)。只需要用日语概括一下你的毕业设计即可。东大和早大的结构应该是日本最强的,如果能够毕业的话,完全可以留在日本,在日本的设计公司从事结构设计工作。
日本修士相当国内研究生,毕业论文是一定要写的,而且要走心的写,不然会一次次的要求你修改,会影响你的毕业。
正稿不一定要有,但是复印件是一定要有的,最好还能附上大学指导教授的签名和学校的公章,这是你能证明自己专业知识水平的最有力地证明资料,一定要有,找教授的时候肯定能用到。一般进入大学院的手续中不要求大学时毕业设计,但是找教授的时候是需要有的,很多日本教授会把你的毕业论文留下,找本校的中国老师看,另外查一下你在国内的大学专业资料。这个情况本人以及本人的朋友都遇到过。除了毕业论文之外还要有毕业论文的英文或是日文的简介。东京大学有地震学研究所,里边的技术是世界一流的,所以要求也严格。楼主要注意。