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在工具栏最右边点小三角选添加删除按钮-格式-上标。就可以了。就是先把【1】、【2】的序号打上,扫黑该序号后,点【格式】→【字体】→【上标】。也可以用插入-引用-脚注和尾注。但建议你论文的参考文献别用插入尾注形式,论文一旦需要修改,特别是需要删内容的时候,这种插入形式很麻烦,编辑在改参考文献的时候都非常讨厌插入的尾注形式。 
我觉得那要看你要注释什么了,如果是赐予之类的话你可以在旁边写个小括号写上注释,也可以统一写在最后;如果是其他的话就写在最后好了。但你要注意排版,让你的论文显得美观一点