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微生物制剂的净水作用 净水作用:光合细菌和芽孢杆菌可以降解水体中的有机污染物如死虾、腐烂水草等，消除水中过多的有机物质，从而提高水体的透明度，达到净化水质的目的。维持水体中微生物种群的稳定 微生物制剂能修复生态系统，增加微生物种类的多样性，维持水体中微生物组成的稳定，从而增强水体稳定性。微生物制剂能抑制有害菌类 有害菌和有益菌之间存在相互竞争相互排斥的关系。我们向池塘添加有益的微生物制剂，使有益菌成为优势菌群，挤占有害微生物的生存空间，从而抑制有害微生物的增殖。微生物制剂作为饲料添加剂 微生物制剂能调节肠道消化菌落的结构，优化菌落组成，提高动物对食物的消化利用，因而微生物制剂常被用来作为饲料添加剂，提高饲料利用率，降低饵料系数。 
光合细菌在水产养殖中的作用有：提高苗种成活率。成为幼体的饵料。改善鱼塘水质。防治疾病。光合细菌的使用方法：用作幼体的开口饵料及添加剂：用液体菌液或浓缩液进行全池泼洒。用作开口饵料用量为10000-12500倍，用作饵料添加剂用量为5000-10000倍，隔2-3d投放一次。作为饲料添加剂用作成鱼养殖：添加量为饲料的5-5%，稀释50-80倍拌入饵料。作为育苗和水质改良剂：可用10-20万倍液全池泼洒，每2-3d泼洒一次。
水产养殖中最重要的是建立硝化系统硝化细菌是这类细菌的统称亚硝酸细菌和硝酸细菌将水中有毒的氨和剧毒的亚硝酸盐分解。EM菌为一种混合菌一般包括光合菌、酵母菌、乳酸菌等等有益菌类。用来分解粪便的。
