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脚注被标红一般都是插入格式不对。论文上传的是PDF格式还是Word格式可能会对结果产生影响，因为当上传PDF检测时，PDF会比Word多一个文本转换过程。这个过程很可能会破坏你原来正确的目录和参考格式，目录和参考格式会被混淆，导师系统会被错误地识别并标记为红色。以知网为例，在格式正确的情况下，使用word版本长传文件，一般不会被标红，但是很多同学直接上传PDF版本，这样就可能被标红。因为PDF在系统中进行文字转化的时候可能会出现识别不准确的情况，也无法识别这个部分是你的参考文献，当然就会被标红啦。所以在学校没有明确规定必须以PDF版本上传时，一定选择Word版本上传。如果不是常见的主流检测系统，数据库可能会比较杂乱，检测算法也不够正规，所以参考文献被标红的情况也会存在。所以建议大家为了获得更准确的检测报告，并且更高效地查重降重，尽量使用学校指定地检测系统，比如知网、维普、万方等这些比较常见的主流查重系统。 
知网查重查脚注。知网查重的规则:检测的部分是：①摘要、②正文内容、③参考文献。知网的查重报告是把论文的原文和知网数据库当中已经收录的文献进行查重对比的，如果论文原文和知网数据库当中的文献具有很多相似的地方，且这一部分没有在论文的原文当中没有加上脚注，则该部分就会被知网系统判定为抄袭的部分。
一般来说，论文的脚注不会算入查重，所以应该要注意标题、摘要、正文的查重哦，在发表之前最好使用知网获得早检测系统先查重。
写论文、查重、降重等都要耗费大量的时间和精力，为了保证查重顺利通过，充分了解哪些部分需要查重，哪些是不需要查重的，专业有利于我们顺利通过论文查重，今天给大家讲解论文脚注查重吗？ 一、论文脚注要查重吗？ 1、论文查重主要针对正文部分，而论文脚注则不需要查重，这一点也是大家首先应该了解的。 2、论文查重系统介绍：论文查重要求提交的是word文档或pdf文档，可以识别论文的格式，在论文的脚注格式正确的前提下，检测系统也会自动识别，这部分也就是不会计算到正文里面的重复性。 二、论文脚注的格式如何？ 1、论文的脚注记号应该比较明显，与脚注相关的文字比较明显，如上标英文字母或数字作标记时，通常会使用粗字体、斜字体等等。 2、在进行脚注标记的时候，要注意不要太小，以免影响正常阅读；如果字体太小，则用较大的字体，或加大软件组合以增加默认字体。 3、在标记脚注时，也要确保每一栏的对齐是完整的，以一个数字右对齐为例：附加了脚注的数字不应被推到左边，从而为标记留出空间。 四、一行字多个脚注的，简短脚注通常设为一段文字，换言之，将多个脚注连续排列在中间只有一个空格；如果在表格主体下的脚注标记：可以将表主体下面的脚注标记为普通体，即不将它作为上标。
论文中的脚注不会查重的，查重主要是针对论文的正文部分，你可以在正文部分每隔23个字就改动一二个字，这样就不太会有问题了。
