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脚注就是可以附在文章页面的最底端的，对某些东西加以说明，印在书页下端的注文。参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。按照字面的意思，参考文献是文章或著作等写作过程中参考过的文献。然而，按照GB/T 7714—2005《文后参考文献著录规则》的定义，文后参考文献是指：“为撰写或编辑论文和著作而引用的有关文献信息资源。”根据《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范（试行）》和《中国高等学校社会科学学报编排规范（修订版）》的要求，很多刊物对参考文献和注释作出区分，将注释规定为“对正文中某一内容作进一步解释或补充说明的文字”，列于文末并与参考文献分列或置于当页脚地。 
据学术堂了解，论文的参考文献引用的是别人的论文观点和成果，而脚注更多是自己对于这个名词或者概念的详细说明，用于向对于此类课题还不了解的人进行解释。不同之处在于参考文献引用肯定是别人论文的成果或者内容，无非是直接或者间接的，脚注更多的是作者自己的解释。
脚注是指你文章但中完全引用别人的东西，而参考是你看了那些资料对你写论文有启发的有帮助的。脚注是标注在每一页的下面，参考文献是放在论文后面的。
