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在读学生，会直接开除学籍；已经毕业，但在申请学位的，会取消涉事人的学位申请资格；已获得学位的，撤销涉事人的学位资格并且从处罚开始之日起三年内不得再次申请。 
案件查办过程中，相关高校认真履行主体责任，对涉及本单位人员的问题严肃调查处理，不回避、不包庇，对此应予肯定。上述案件也反映出，有的项目承担单位在项目和经费管理上不履责甚至弄虚作假、乱作为，少数科研人员学风浮躁、学术失范、诚信失守。这些问题严重破坏了科研管理秩序，严重损害了科技创新良好生态，对我国科技创新事业发展和科技界整体形象造成了恶劣影响，必须坚决制止、严肃惩处。
论文造假怎么处罚要根据具体情况而定，具体如下：1、涉事人尚未获得学位而进行论文造假，则取消涉事人的学位申请资格；2、涉事人在获得学位后被发现论文造假，则撤销涉事人的学位资格并且从处罚开始之日起三年内，禁止涉事人进行任何学位申请；3、是在读学生被发现论文造假，除了撤销学位申请资格外还会开除学籍；4、是在职人员论文造假，不仅撤销相关学位资格，而且涉事人还需要接受所在单位的纪律处分。《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十二条有下列行为之一的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款；情节较轻的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款：（一）伪造、变造或者买卖国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件、印章的；（二）买卖或者使用伪造、变造的国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件的；（三）伪造、变造、倒卖车票、船票、航空客票、文艺演出票、体育比赛入场券或者其他有价票证、凭证的；（四）伪造、变造船舶户牌，买卖或者使用伪造、变造的船舶户牌，或者涂改船舶发动机号码的。
教学部规定，对这种行为，如果是未取的学位的，撤销其学位申领资格；已获得学位的，撤销其学位资格，同时自处理之日起三年内，剥夺其学位申请的资格，如果是在读学生还可开学除其学籍。
论文造假事件涉及到的多名人员为博士生导师，承担多项科研项目。对他们的惩罚有，免职处分、撤销荣誉称号、暂停研究生招生资格等。
