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我可以很肯定的告诉你,没有太大影响。为什么学校一再强调注意格式呢,因为知网、维普、pp这些查重系统会智能识别引用、参考文献,如果你格式问题严重那么就可能导致重复率变高。另一方面是考虑到美观,那么多毕业论文格式如果不能整齐划一那看起来也头疼。你说的字号、标点问题,老师看见了可能会说你,但是论文通过与否跟这些没有直接关联。 
一般来说两种可能导致的,一是word版本不同,二是两个电脑上的字体不同,第二种可能性大些。
有没有经过老师的审核?如果经过了,那就没什么问题了。通常老师要看几遍,但大多数是集中看你的论文格式以及大标题,实质内容看的很少。
因为由于办公软件版本的不同,时常会有这种情况出现。所以只能换别家打印或者重新排版咯。
什么类型的论文?毕业论文的话,导师会告诉你修改意见的啊,然后你根据意见进行修改如果是发表的论文,一般情况下,编辑那边也会有一个修改意见的反馈,如果没有修改意见的话,就不用修改啦,等着二审结果就是了