小古holy
可以啊，只要是在论文中应用到的，文献符合论文参考要求，那么可以作为参考文献，在转知汇后一些专利相关的文献备案。 
学位论文的话，这个不是专利，而是版权问题，首先你要看你写的学位论文是否是培养单位培养的方向，如果是，那么就是属于培养单位的。还有他们是否委托你写这篇学位论文的，如果是，那么也是那篇论文也是属于单位的。最后就是你写那篇论文是否利用了单位的培养经费、设备之类的，如果是，那么也是属于单位的。当然，你可以跟单位谈判，就是说你有署名权，或者要单位给与你多少奖金。这些都是法律允许的。
如果是与论文中完全一样的专利方案，就不具备新颖性了，无法授权。不过，如果专利方案与论文不完全一样或者包含论文中没有的内容，则仍可申请专利并具备新颖性。可考虑以新的内容重新申请专利。
一般，委培生论文的课题，经费，资料都来自单位，因此这一协议没有明显违法之处，如果签了应该遵守。
