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教育部对造假行为绝不姑息，未取得学位的，取消学位申请资格。取得学位的，撤销其资格。在职的给予纪律处分。随着科技越来越发达，造假行为屡禁不止，必须严格执行法律法规，杜绝这一现象。 
学术造假是对学术的一种极为不端正的行为。当然教育部也会给予相应的处罚，会收回学位，必要是还要收回职称或者停职。
案件查办过程中，相关高校认真履行主体责任，对涉及本单位人员的问题严肃调查处理，不回避、不包庇，对此应予肯定。上述案件也反映出，有的项目承担单位在项目和经费管理上不履责甚至弄虚作假、乱作为，少数科研人员学风浮躁、学术失范、诚信失守。这些问题严重破坏了科研管理秩序，严重损害了科技创新良好生态，对我国科技创新事业发展和科技界整体形象造成了恶劣影响，必须坚决制止、严肃惩处。
对于学生来说，视情节严重性会给予处分或者会取消其相应的学历学位证书。对于教师来说，就会取消其导师资格。
科技部发布的通报中显示，相关责任人分别被处以终止承担的国家项目、追回项目资金、停止研究生招生资格、终止或撤销相关荣誉称号、追回科研奖励资金等处罚。
国家发改委新闻发言人孟玮表示，在论文造假、考试作弊问题治理领域，近日中办、国办印发《关于进一步弘扬科学家精神加强作风和学风建设的意见》，明确指出，严肃查处违背科研诚信要求的行为，并视情节追回责任人所获利益，按程序记入科研诚信严重失信行为数据库，实行“零容忍”，在晋升使用、表彰激励、参与项目等方面“一票否决” 。
论文造假违规会对不同的涉事人做出不同的处罚，对于尚未获得学位而进行论文造假，取消涉事人的学位申请资格、在获得学位后被发现论文造假，则撤销涉事人的学位资格并且从处罚开始之日起三年内，禁止涉事人进行任何学位申请、是在读学生被发现论文造假，除了撤销学位申请资格外还会开除学籍、是在职人员论文造假，不仅撤销相关学位资格，而且涉事人还需要接受所在单位的纪律处分。
在读学生，会直接开除学籍；已经毕业，但在申请学位的，会取消涉事人的学位申请资格；已获得学位的，撤销涉事人的学位资格并且从处罚开始之日起三年内不得再次申请。
