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是的。不管是国内还是国外的学术论文,都不是完全公开的,有些时候某些图书馆会将一些论文公开出来,但是一般都是有一定时间限制的。因为有的学位论文是保密的,所以网上查不到。网上找不到不能说明没有,而是说明没有上传到网络上,有的论文是涉及保密性质的,有的是技术研发秘密,有的是军事秘密,这些都不会上传到网络上。 
知网上的都是优秀硕士或博士论文,一般的论文都在原大学存档,在教育部的相关部门也有备份
一般只要是发表了的文章都是要是上知网的,除了一些特别的期刊。不知道你们是需要几篇,我们当时要的三篇,你说的CN刊号其实就是国内刊号,正规的期刊都是CN,ISSN双刊号齐全的,而且因为是全国公开发行才是正规的期刊,都是在品优刊发的,那时也是它们帮忙引荐的,期刊都是正规的。
很多网站之类的都可以进行查询,比如学客行查重就很不错!