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最根本的区别在对世界的认识上，道家认为大道是恍兮惚兮幽暗难明的，很难被人们（包括圣人）完全认识清楚，所以人们只能任物自化，靠万物和万民的自化无为无不为；而儒家认为圣人是全知全能的，他们完全掌握着真理，靠着他们的教化（和道家的自化形成鲜明对比），君主就可以成为明君，老百姓就可以各就其位，社会就会进入完美的境界。 
魏晋时期的玄学，是道家和儒家融合而出现的一种哲学、文化思潮。魏晋人注重《老子》 、《庄子》和《易经》，称之为“三玄”。主要代表人物有何晏、王弼、阮籍、嵇康、向秀、郭象等。它是在汉代儒学（经学）衰落的基础上，为弥补儒学之不足而产生的；是由汉代道家思想、黄老之学演变发展而来的。以辩证“有无”问题为中心。以探究世界本体为其哲学的基本内容。以解决名教与自然的关系问题为其哲学目的。以“得意忘言”为方法。以“辨名析理”为其哲学的思维形式。后来玄学的内涵被不断扩充，不断被后世方术家所充实。产生了包括山、医、命、卜、相在内的五种体系。山所包含的内容是指修身养性，医就是古代中医系统，命所指就是占算人生命运的学问，卜所指就是占卜运程的行为，相观察人的面貌、地理环境等方法。
道家是顺应天道而为之，是以自然为中心。儒家是要改变天道，是以人为中心。所以，儒家就是整人的工具。
