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饕餮江江
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幸福的小猫zz

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一、计算机基础,需要看三本书,一步步的学会学通,不需要刻意去找哪个书,一般linux是鸟哥私房菜,perl是小骆驼咯,R是R in action,但是看一本书只能入门,真正想成为菜鸟,必须每个要看五本书以上!我云盘里面有这基本上的高清打印版,大家可以去淘宝打印一下才几十块钱还包邮,对书比较讲究的也可以买正版,也不过是一百多块钱而已!

二、生信基础知识,测序方面,在百度文库找十几篇一代二代三代测序仪资料仔细研读,然后去优酷下载各大主流测序仪的动画讲解,再看看陈巍学基因的讲解;数据库先看看三大主流数据库——NCBI,ENSEMBL,UCSC,还有一些也可以了解一些(uniprot,IMGT,KEGG,OMIN,TIGR,GO)同样也是百度文库自己搜索资料,但是这次需要自己去官网一个个页面点击看,一个个翻译成中文理解吃透;数据格式讲起了就多了,这个主要是在项目流程中慢慢学,或者你有机会去上课,不然你看来也是立马忘记的,主要有sam,vcf,fasta,fastq,bed,gtf,gff,genbank,ensembl,psl等。

三、生信研究领域,各个领域主要是软件繁多,合起来常用的估计有上百个软件了,一般只有从业五六年以上的人才有可能把它们全部用过一遍,而且这也完全需要项目来训练,而不能仅仅是看看软件手册,但是研究领域最重要的是背后的原理,需要看各大牛的综述。

a) 生信基础软件(blast++套件,fastqc,flash,blast,solexaQA,NGS-QC-toolkit,SRA-toolkit,fastx-toolkit)。

b) snp-calling相关软件(bwa,bowtie,samtools,GATK,,annovar)。

c) 基因组相关软件(velvet,SOAPdenovo2,repeatmasker,repeatscount,piler,orthMCL,inparanoid,clustw,muscle,MAFFT,quickparanoid,blast2go,RAxML,phyML)。

d) 转录组相关软件(trinity,tophat,cufflinks,RseQC,RNAseq,GOseq,MISO,RSEM,khmer,screed,trimmomatic,transDecoder,vast-tools,picard-tools,htseq,cuffdiff,edgeR,DEseq,funnet,davidgo,wego,kobas,KEGG,Amigo,go)。

四、生信应用领域,讲这一块其实已经脱离了生信菜鸟的解释范围了,主要是想说社会上为什么需要搞生信的人才,全是因为在肿瘤筛查,产前诊断,流行病学,个性化医疗等领域有所应用,可以造福人类!这方面政策不确定,产业不定型,所以也这绝对是蓝海,但是也绝对不会有现成的资料直接培训人才,我们必须关注各种微信公众号,逛各种测序,医学相关论坛,紧跟业界精英的脚本,同时追着大牛的文献阅读,如此这般才能保住菜鸟的身份!

生物信息学培训

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朶蕾咪灬

生物信息行业是一个很依赖上游行业的领域。所以生物信息行业的前景的好坏取决于上游行业的前景。目前来说,薪资水平高于纯生物化工行业,但低于it行业。总体来说生物医药行业整个成上身势头,因此生物信息行业目前也是比较有市场的。但是和it行业类似,行业技术更新快(甚至更快),要求学习能力强,不断跟上新技术。插句题外话,国内来说,个人觉得生物统计的缺口要更大。因为原研药的加大投入,临床实验的增加,生物统计的需求越来越多。

181 评论(9)

脂肪君绝缘体

分两个大方向吧,一个是to的业务,一个是to的。to的业务现在主要科技服务,为有生物数据分析需求的科研机构和公司提供服务。比较传统的方式就是以发论文为目标的,做数据分析,数据可视化等等,相当于软件公司里面做项目的。现在类似美国的SBG,Bani,Lute Economics等产品或者平台性质的公司也越来越多,国内也有Gene Dock、L3等生物信息公司。to的业务似乎更有想象空间,但坑也更多。比如提供个人基因组分析和解读服务,类似疾病风险预测、祖源成分分析、个性化生活建议等等。国外的类Affinity,23andme,还有癌症等疾病方面的。但在to的业务中,纯生物信息肯定只能是其中一环,结合各种实验和线上线下的服务才能解决实际需求。国内的Gena、Neogene等等都是比较强调生物信息能力的to的公司。本科药学,研究生生物信息,主要分析Chip-seq和RNA-seq等第二代测序的数据。目前在北京的一家生物信息云平台公司工作。个人认为,收入上比纯生物的还是要好一些,但是比IT的肯定还是差一些。最近新成立的创业公司还是挺多的,大部分和生物信息的关系已经不是很大了。现在有的小的基因检测公司虽然招聘职位上写的生物信息工程师,但实际上干的是程序员的活,比如搞数据库,搭网站,写前端出报告。传统的搞科研服务的公司。工资高的一般是产品和销售。在有的公司里,当个主管工资都很低。

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一吉一吉

学习生信分析需要具备一定的计算机、生物学和统计学知识,建议按以下步骤学习:

1. 建立基础知识:先学习生物学、计算机科学和统计学的基础知识,掌握常用的生物学术语和基本的编程概念。可以参考一些经典教材如《生物信息学导论》、《R语言实战》等。

2. 学习常用工具和软件:学习生物信息学分析中常用的工具和软件,例如NCBI、BLAST、UCSC等数据库和软件,学习Linux操作系统和常用命令,掌握编程语言如Perl、Python、R等的使用。

3. 参加课程或培训:参加一些线上或线下的课程或培训,例如Coursera上的生物信息学课程、培训班、讲座等,了解生物信息学分析的流程和方法,掌握实践技能。

4. 实践和练习:通过实际项目的实践,积累经验和技能。可以通过参加竞赛、学术项目或者开源社区的项目来进行实践。

5. 学习交流:通过参加学术会议、讨论组、社区等渠道,与其他从业人员交流和分享经验,了解最新的技术发展和应用实践。

总之,星科SCIER认为学习生信分析需要综合多个学科知识,需要不断实践和练习,才能熟练掌握相关技能。

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吃买吃买吃买

我硕士读的是细胞生物学,今年4月开始在boss要求下自学perl,打听了下,这本书不错,就买来开始看,等5月份去北京参加公司的培训班时,读了一遍,看了一部分。培训回来,我们的项目就开始做了,9月拿到所有原始数据和分析结果。然后,我对照着公司的分析报告,试着自己走一边分析流程,中间遇到问题,自己解决不了的,就发邮件求助。有几点需要注意:1. 我能理解你想早些玩儿数据的愿望,但是在这之前,最好要有一个outline.需要知道数据从哪儿来的,怎么产生的?其实就是测序仪的工作原理。然后是数据质量检验,为什么需要数据过滤?接着是reads拼接和组装。总之,要对整个流程有一个认识,而后在学习的过程中,再不断回头对比这个流程,这样才不会有迷失的感觉。2. 有了基础知识的铺垫,就可以尝试着自己做些练习了,paper上面都会给出他们的数据、原码地址,可以找来自己试试,先看看自己能不能做出一样的效果。当然,这时要是你手里正好有项目,那就更好了。3. 学生物信息,paper肯定是要跟踪的。覆盖生物信息有趣的论文, 算法,以及生物科学问题。这个网站还汇集了很多生物信息领域科学家的博客。再如BGI的主程罗瑞邦, SAMtools、BWA的作者Heng Li都有在这里出现。[RNA-Seq Blog](RNA-Seq Blog) 推荐新的论文、工作、培训课程、大型会议等。如果你是生物背景的,那么计算机方面的知识需要补一下:需要能在linux环境下舒服的工作。比如从源码编译安装软件PATH配置,再比如舒服地使用google找到问题的答案。学会使用python/perl。比如有的时候运行一个软件老是报错,可能就是因为在一个包含几十万行的文本文件里,有随机的那么几千行的末个位置,多一个冒号, 这时候你知道需要怎么做了? 学会R。要从一大堆基因里面找出表达水平变化的基因来,需要统计分析和显著检验;而要把我们的数据更直观地展示出来,最好的方式就是图形了吧。这两个需要,R都能满足。当然matlab也是可以的,区别在于R是开源工具。具备了上述技能,那么常用的软件就能用起来了。随着学习的深入,可能你的问题别人也没遇到过,这时候就需要自己动手,要么修改现成的工具,要么自己做一个出来。这时候,除了python/perl,或许还可以学C/C++/java,或许需要研究下比如BWT、De Bruijn Graph背后的原理。

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