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包工包料的，不用设置在建工程科目，只设其他应收款——工程预付款。完工后以完工工程款发票及相关税费结转到固定资产-办公楼。外包清工的，设置其他应收款——工程预付款和在建工程-工程物资。完工后以建工程-工程物资、完工工程款发票及相关税费结转到固定资产-办公楼。
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因为自建的厂房属于不动产，所以不得抵扣，不动产在建工程为非增值税应税项目，若此工程物资是用于动产的就可以抵扣。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》：
第十条下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（一）用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产；
（二）非正常损失的购进货物，以及相关的劳务和交通运输服务；
（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、劳务和交通运输服务；
（四）国务院规定的其他项目。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》:
第二十三条条例第十条第（一）项和本细则所称非增值税应税项目，是指提供非增值税应税劳务、转让无形资产、销售不动产和不动产在建工程。
前款所称不动产是指不能移动或者移动后会引起性质、形状改变的财产，包括建筑物、构筑物和其他土地附着物。
纳税人新建、改建、扩建、修缮、装饰不动产，均属于不动产在建工程。
因此该单位所进行的厂房建造工程属于不动产，购入的工程物资的增值税额不可以抵扣。
扩展资料：
根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》：
第二十四条条例第十条第（二）项所称非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。
第二十五条纳税人自用的应征消费税的摩托车、汽车、游艇，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
第二十六条一般纳税人兼营免税项目或者非增值税应税劳务而无法划分不得抵扣的进项税额的，按下列公式计算不得抵扣的进项税额：
不得抵扣的进项税额=当月无法划分的全部进项税额×当月免税项目销售额、非增值税应税劳务营业额合计÷当月全部销售额、营业额合计
第二十七条已抵扣进项税额的购进货物或者应税劳务，发生条例第十条规定的情形的（免税项目、非增值税应税劳务除外），应当将该项购进货物或者应税劳务的进项税额从当期的进项税额中扣减；无法确定该项进项税额的，按当期实际成本计算应扣减的进项税额。
第三十七条增值税起征点的适用范围限于个人。
增值税起征点的幅度规定如下：
（一）销售货物的，为月销售额5000-2万元；
（二）销售应税劳务的，为月销售额5000-2万元；
（三）按次纳税的，为每次（日）销售额300-500元。
前款所称销售额，是指本细则第三十条第一款所称小规模纳税人的销售额。
省、自治区、直辖市财政厅（局）和国家税务局应在规定的幅度内，根据实际情况确定本地区适用的起征点，并报财政部、国家税务总局备案。
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国增值税暂行条例实施细则
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国增值税暂行条例
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