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一般不会罚款，但超过90天就不能抵扣进项税额了，可价税合计记入库存商品成本。国税发［2006］156号明确，一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票联到主管税务机关认证，专用发票联复印件留存备查。一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。

在丢失了增值税专用发票后，首先应分清丢失发票的责任，如是销售方的责任，应接受税务机关作出的未按规定保管发票的处罚；

而如是购买方的责任，需要求对方出具丢失发票的说明或主管税务机关对其未按规定保管发票行为的处罚证明，然后分下列情况处理：

1、销售方丢失增值税专用发票

（1）丢失空白未开具的增值税专用发票的，首先按规定程序向销售方当地主管税务机关、公安机关报失，接受税务机关处罚；其次，由主管税务机关代收取“挂失登报费”，并将丢失专用发票的纳税人名称、发票份数、字轨号码、盖章与否等情况，统一传（寄）中国税务报社等税务报刊杂志上刊登“遗失声明”。

（2）销售方丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联的，待申报、报税后向主管税务机关申请出具《丢失增值税专用发票已报税证明单》，并把该证明和丢失发票的记账联复印件交购买方抵扣。

（3）销售方丢失已开具专用发票的抵扣联、发票联其中一联（两联没有全部丢失）的：可让购买方使用未丢的联次到主管税务机关认证和记账，复印件留存备查。

2、购货方丢失增值税专用发票

（1）如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。

扩展资料：

增值税属于中央和地方共享税，在税收管辖权上归属于国家税务局，再加上增值税是一个链条，销售方报税并交税了，采购方才能认证抵扣，我国税法出台了《增值税专用发票管理办法》来专门界定增值税专用发票的购买、使用和管理，相对于普通发票而言，增值税专用发票的管理还是比较严谨的。

因此，若增值税专用发票丢失，税法相关规定就会比较严格。那么，如果纳税人（含接收发票方和开票方双方，下同）遗失了管理并非很严格的普通发票，该怎么办呢？

浙江省地方税务局专门出台公告规定了接受发票方将发票联遗失的处理程序：

1、接受发票方于发现丢失当日书面报告主管税务机关，在登报声明作废后接受行政处罚。

2、接受发票方凭作废声明及行政处罚决定书向开票方索取该份发票的存根联复印件，开票方应在存根联复印件上加盖发票专用章交予接受发票方。

3、若接受发票方丢失的发票为单联发票的，由开票方重新开具发票给接受发票方，重开时须备注说明原遗失的发票号码、开票日期、开票金额等内容，并将接受发票方作废声明及行政处罚决定书留存作为重开发票的依据。

而广东省地方税务局关于纳税人丢失已填开发票的处理是这样规定的：

接受发票方丢失已填开的发票联，可向开票方申请要求其出具曾于xx年xx月xx日开具什么类型的发票，并说明取得发票单位名称、发票号码、发票编码、购货或服务的单价、采购数量、规格、大小写金额、发票字轨等的书面证明，或要求开具发票方提供所丢失发票的存根联或记账联复印件。

经开票方的主管税务机关审核后作为合法凭证入账，一律不得要求开票方重复开具发票。

重庆市地方税务局对于接受发票方发生发票丢失的情形规定：接受发票方应于发现丢失当日书面报告其主管税务机关，并登报声明作废。

主管税务机关应依照《发票管理办法》第三十六条规定对其可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款，并出具《开具红字发票通知单》。

开票方依据接受发票方提供的报刊登载原件、接收发票方主管税务机关出具的《开具红字发票通知单》，开具与发票金额相同的红字发票冲抵原发票，然后再开具金额相同的发票。开具方开具红字发票需验旧核销。

以上可见，各地税务管理机关在对普通发票遗失管理上略有不同，有的地方规定以税务机关认定过的发票复印件即可入账，而有的地方规定要开具红字发票，然后再开新发票，而有的地方规定只要重开新发票即可。

因此，如果纳税人发生了丢失发票的情形，需要按照当地税务机关的具体规定来办理。总结下来，纳税人如果遗失了普通发票，需要按照以下程序来办理：

1、纳税人丢失已开具的普通发票的发票联，应于发票丢失当日或次日（节假日顺延）书面报告主管税务机关，并向主管税务机关指定的报刊等媒介刊登公告声明作废；

2、开票方丢失已填开的发票联，应重新开具发票交对方入账。重新开具发票时，应在备注栏填写丢失发票的客户名称、发票种类代码和号码、单价、数量、开票金额等。开具发票方记账时附上丢失发票的其他联次作为合法入账凭证；

3、接受发票方丢失已填开的发票联，应取得开票方发票存根联或记账联的复印件和盖有公章的证明，并注明原来发票号码、单价、数量、金额等内容，经开票方注明“此件是我单位提供，与原件相符”的字样并加盖公章，由经办单位负责人批准后，才能代作原始凭证。

实行电子发票的，由开票方按丢失发票代码、号码查询打印（复印）发票图片，加盖开票方公章作为入账凭证；

4、纳税人丢失存根联或记账联的，应取得发票联复印件，发票复印件经开票方注明“此件是我单位提供，与原件相符”，加盖公章后，方可作为原始凭证；5.纳税人丢失普通发票全部联次的，按丢失空白普通发票处理。

参考资料来源：人民网-中国审判流程信息公开网正式开通

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