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一、管理范围、组织机构不同
1、中国总会计师协会是隶属于财政部的全国性非营利一级协会，具有跨地区、跨部门、跨部门的特点。单位成员主要是各省、市、自治区、计划单列市总会计师协会、中央企业事业单位、国有大中型企业和具有一定规模的民营企业。
2、中国注册会计师协会是根据《中华人民共和国注册会计师法》和《社会团体登记管理条例》的有关规定设立的社会团体法人。
二、主要职责不同
1、中国总会计师协会主要职责：
组织实施总会计师、履职会计师、高级会计师的岗位培训和继续教育，组织实施会计人员的岗位培训和继续教育，组织实施总会计师和总会计师预备役人员职业资格培训证明，依法组织和举办协会。出版物和网站，开展行业宣传和业务培训。
2、中国注册会计师协会的主要职责是：
制定注册会计师执业准则、规则，并监督检查实施；制定行业自律管理规范，对违反相关法律法规和行业管理规范的会员进行处罚；组织实施全国注册会计师统一考试。
张小小晴晴
就目前来看，最直接的是中国注册会计师协会依旧是财政部直属的事业单位，专注于中国注册会计师的研究制定等一些列工作。
而中国总会计师协会目前已经成为民间协会组织，只是受财政部监督。
为什么这么说呢？
2015年7月10日，为加快转变政府职能，改善行业协会一直存在的不良问题（如中国总会计师私自设立十几项不合规证书项目，其中已被国务院撤销多项）。
财政部发布协会脱钩文件，中共中央办公厅、国务院办公厅印发《行业协会商会与行政机关脱钩总体方案》，实行行业协会的全面脱钩，包括机构分离、职能分离、资产财务分离、人员管理分离、党建外事等事项分离。
2019年6月14日，国家发展改革委、民政部、中央组织部、中央编办、中央和国家机关工委、外交部、财政部、人力资源社会保障部、国资委、国管局等部门联合发布《关于全面推开行业协会商会与行政机关脱钩改革的实施意见》，明确全国性行业协会商会脱钩改革由民政部牵头落实，并公布脱钩名单。
而中国总会计师协会成为财政部唯一脱钩的行业协会。
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总会计师证是全国通用，财政部认可的没错。
中国总会计师协会是财政部所属的跨地区、跨部门、跨行业的全国非营利一级社团组织。单位会员主要为各省、市、自治区，计划单列市总会计师协会，中央企、事业单位，国有大中型企业以及具有一定规模的民营企业等。
个人会员主要是企业、行政事业单位的总会计师，包括首席财务官、管理合伙人、财务主管、财务总监等，以及在企业、行政事业单位和民间非营利组织履行总会计师职责的会计师等。
中国总会计师协会成立于1990年，现已在石油、电力、铁道、航天行业、纺织、民营、电信、航空工业、民用航空、核工业、兵器、航运物流、电子、地质勘查、轻工、水利水电、煤炭、冶金十八个行业设有分会，涵盖了国民经济的主要行业；已有22个地方省市总会计师协会成为单位会员。
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