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(l)会计核算的基础不同。
预算会计中，财政总预算会计和行政单位会计以收付实现制为会计核算基础，事业单位会计根据单位实际情况，分别采用收付实现制和权责发生制。企业会计均以权责发生制为会计核算基础。
(2)会计要素构成不同。
预算会计要素分为五大类：即资产、负债、净资产、收入和支出。企业会计要素分为六大类：即资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润。即使相同名称的会计要素，其内容在预算会计与企业会计上也存在较大差异。
(3)会计等式不同。
预算会计的会计等式为：资产=负债十净资产。
企业会计的会计等式为：资产=负债十所有者权益。
(4)会计核算内容及方法有其特殊性。
在预算会计中，固定资产一般应与固定基金相对应，固定资产不计提折旧;对外投资一般与投资基金相对应;对专用基金实行专款专用办法;一般不实行成本核算，即使有成本核算，也是内部成本核算;没有利润及利润分配的核算等。
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预算会计要素包括预算收入，预算支出，预算结余。预算收入是预算年度内取得的并纳入预算管理的现金流入。预算支出是在预算年度内纳入预算管理的现金流入。预算结余是预算年度内预算收入扣除预算支出后的资金余额以及历年滚存的资金余额。
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政府预算会计要素包括预算收入、预算支出与预算结余。1、预算收入是指政府会计主体在预算年度内依法取得的并纳入预算管理的现金流入。2、预算支出是指政府会计主体在预算年度内依法发生并纳入预算管理的现金流出。3、预算结余是指政府会计主体预算年度内预算收入扣除预算支出后的资金余额，以及历年滚存的资金余额。预算结余包括结余资金和结转资金。（1）结余资金是指年度预算执行终了，预算收入实际完成数扣除预算支出和结转资金后剩余的资金。（2）结转资金是指预算安排项目的支出年终尚未执行完毕或者因故未执行，且下年需要按原用途继续使用的资金。
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