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直接减免的增值税就按实际发生的业务情况做账务处理。比如实际计提多少税，就交多少税，按实际的入账金额计提收入和增值税。如果是先交后退，那么收到的退税款可以计入到补贴收入科目核算。一般软件企业或出口退税企业。软件企业是交的增值税可以先征后退。出口企业可以实行免抵退政策。减免增值税的账务处理：借：应交税金-应交增值税-减免税额，贷：营业外收入-减免税额，减免税额对某些纳税人或课税对象的鼓励或照顾措施。减税是减征部分应纳税款；免税是免征全部应纳税款。一、增值税期末留抵税额退税条件：1、符合条件的集成电路重大项目增值税留抵税额退税。2、对外购用于生产乙烯、芳烃类化工产品的石脑油、燃料油价格中消费税部分对应的增值税额退税。3、符合条件的大型客机和新支线飞机增值税留抵税额退税。二、纳税人注意事项：1、纳税人对报送材料的真实性和合法性承担责任。2、文书表单可在上海市税务局网站“下载中心”栏目查询下载或到办税服务厅领取。3、纳税人使用符合电子签名法规定条件的电子签名，与手写签名或者盖章具有同等法律效力。4、纳税人提供的各项资料为复印件的，均需注明“与原件一致”并签章。法律依据：《中华人民共和国企业所得税法》 第五条 企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。第五十四条 企业所得税分月或者分季预缴。 企业应当自月份或者季度终了之日起十五日内，向税务机关报送预缴企业所得税纳税申报表，预缴税款。 企业应当自年度终了之日起五个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。 企业在报送企业所得税纳税申报表时，应当按照规定附送财务会计报告和其他有关资料。
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按照增值税条例规定，为生产免税货物而耗用的原材料的进项税额不得抵扣，也就是要将这部分进项税转出计入成本。
但是在购进项目部分用于应税项目部分用于免税项目的情况下，对于免税项目应转出的进项税额，普遍认为比较科学I约方法是采用销售额比例法，即用免税项目的销售额占总销售额的比例来计算分摊应转出的进项税额。会计分录如下：
借：主营业务成本。
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）。
按照增值税专用发票管理规定，销售免税项目除国家另有规定外，不得开具专用发票。有人认为，免税项目在会计处理时，不产生应交税费的贷项。但从计税原理上说，增值税是对商品生产和流通各个环节的新增价值或附加值进行征税。
免税项目在流转过程中仍然会有新增价值，即仍然负有纳税义务，而免税则是国家出于特定目的将本该征缴的税额不予征缴，作为国家对纳税人的一种“补贴”。
而且，增值税实行税负转嫁，纳税人和负税人可能不是同一主体，所以，这里的免税只能是针对纳税人而言，而负税人则不一定享有这种优惠，即纳税人销售免税项目，尽管不能开具增值税专用发票，但其开具给买方的普通发票金额应该是销售额和销项税额的合计数，并且按合计数收取款项。如果不向购买方收取销项税额，纳税人的“补贴收入”又从何而来呢？所以，会计分录如下：
借：银行存款或应收账款
贷：主营业务收入＜不含税收入＞。
应交税费——应交增值税（销项税额）。
同时，再将销项税额中的金额作为应免征的税额进行结转，会计分录为：
借：应交税费——应交增值税（减免税款）。
贷：主营业务收入。
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直接减免增值税的会计处理1.小规模纳税人直接减免增值税的会计处理。月份终了时，将应免税的销售收入折算为不含税销售额，按6%或4%的征收率计算免征增值税税额。作会计分录如下：借：主营业务收入贷：应交税金--应交增值税借：应交税金--应交增值税贷：补贴收入注：此种处理个人存在不同意见，小规模纳税人免征增值税，完全可以不核算免缴的增值税税额，即不必进行会计处理，免税销售收入减销售成本即为企业毛利。不必单独计入补贴收入。2.一般纳税人直接减免增值税的会计处理。(1)企业部分产品(商品)免税。月份终了，按免税主营业务收入和适用税率计算出销项税额，然后减去按税法规定方法计算的应分摊的进项税额，其差额即为当月销售免税货物应免征的税额。结转免税产品(商品)应分摊的进项税额，作会计分录如下：借：主营业务成本(应分摊的进项税额)贷：应交税金--应交增值税(进项税额转出)结转免税产品(商品)销项税额时，作会计分录如下：借：主营业务收入贷：应交税金--应交增值税(销项税额)结转免缴增值税税额时借：应交税金--应交增值税(减免税款)贷：补贴收入(2)企业全部产品(商品)免税。如果按税法的规定，企业的全部产品(商品)都免税，工业企业应在月终将免税主营业务收入参照上年度实现的增值率计算出增值额(产销较均衡的企业也可以按月用“购进扣税法”计算)，并将其折算为不含税增值额，然后依适用税率，计算应免缴增值税税额;零售商业企业(批发企业可比照工业企业)应在月终将销售直接免税商品已实现的进销差价折算为不含税增值额，然后按适用税率计算应免缴增值税税额。根据上述计算结果，作会计分录如下：计算免缴税额时：借：主营业务收入贷：应交税金--应交增值税(销项税额)结转免缴税额时：借：应交税金--应交增值税(减免税款)贷：补贴收入对生产经营粮油、饲料、氮肥等免税产品的企业，虽然其主产品免税，但也可能发生增值税应税行为，如粮食企业。按国家规定价格销售免税粮食时，可免交增值税;但若加价销售，就不能免税。饲料企业如果将购入的原粮又卖出或在生产饲料的同时还生产供居民食用的制品，则要交纳增值税，会计上应分别设账和分别核算。
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