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主要区别是，性质不同、作用不同、目标不同，具体如下：
一、性质不同
1、预算会计
预算会计是指对政府预算资金活动过程及其结果所实施的一种管理活动，是各级财政部门和行政事业单位用来核算、反映和监督政府预算执行情况的会计。
2、政府会计
政府会计是指用于确认、计量、记录和报告政府和事业单位财务收支活动及其受托责任的履行情况的会计体系。
二、作用不同
1、预算会计
对各级政府财政部门和行政事业单位的经济业务，进行连续、系统、完整的反映和监督。
2、政府会计
用于确认、计量、记录政府受人民委托管理国家公共事务和国家资源、国有资产的情况，报告政府公共财务资源管理的业绩及履行受托责任情况。
三、目标不同
1、预算会计
预算会计有三级目标，即基本目标，中级目标和高级目标。一般认为基本目标是保持公共资金的安全完整，防止腐败和揭露贪污。中级目标是促进合理的财务管理。高级目标是帮助政府解除受托责任。
2、政府会计
不同的政府业务活动对会计系统所期望达到的境界也是不同的，因此政府会计目标的定位也应从政府业务活动的特点方面来进行考虑。政务活动的计量和报告重点是本期财务资源的来源、使用和余额；商业活动的计量和报告重点集中于运营收入、净资产的变动、财务状况以及现金流量的流动；而信托代理活动计量和报告的重点是净资产和净资产的变动。也就是说，商业活动更关注财务状况、经营成果和成本等信息，通常不太关注预算比较信息或有关资金流入流出信息。
以上内容参考 百度百科-预算会计、百度百科-政府会计
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预算会计是指对政府预算资金活动过程及其结果所实施的一种管理活动，是各级财政部门和行政事业单位用来核算、反映和监督政府预算执行情况的会计。它以货币为主要计量单位，对各级政府财政部门和行政事业单位的经济业务，进行连续、系统、完整的反映和监督。
预算会计核算应遵循的基本原则：真实性原则、相关性原则、可比性原则、一贯性原则、及时性原则、重要性原则、明晰性原则、收付实现制和权责发生制、历史成本原则、配比原则、专款专用原则。
纵向体系是按照国家政权结构和行政区域来划分的，我国政府预算可分为中央预算和地方预算，后者包括省（自治区、直辖市）、市（社区的市、自治州）、县（自治县、不设区的市、市辖区）、乡（民族乡、镇）。
横向体系是按各级政府所属各部门划分建立的，主要由各级政府总预算会计、行政单位会计、非营利组织会计和参与预算执行的国库会计、税收征解会计、专业银行拨款会计共同组成。 ` 财政总预算会计的分级与政府预算的分级是一致的。
政府预算分中央、省、市、县、乡五级，财政总预算会计包括中央财政部设立的中央财政总预算会计、各省财政厅设立的省财政总预算会计、市财政局设立的市财政总预算会计、县财政局设立的县财政总预算会计、乡财政所设立的乡财政总预算会计。
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