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1．两者的审计目标不同。内部审计主要是对内部控制的有效性、财务信息的真实性和完整性以及经营活动的效率和效果所开展的一种评价活动；注册会计师审计主要对被审计单位财务报表的真实性（或合法性）和公允性进行审计。2．两者独立性不同。内部审计为组织内部服务，接受总经理或董事会的领导，独立性较弱。注册会计师审计为需要可靠信息的第三方提供服务，不受被审计单位管理层的领导和制约，独立性较强。3．两者接受审计的自愿程度不同。内部审计是代表总经理或董事会实施的组织内部监督，是内部控制制度的重要组成部分，单位内部的组织必须接受内部审计人员的监督。注册会计师审计是以独立的第三方对被审计单位进行的审计，委托人可自由选择会计师事务所。4．两者遵循的审计标准不同。内部审计人员遵循的是内部审计准则；而注册会计师遵循的是注册会计师审计准则。5．两者审计的时间不同。内部审计通常对单位内部组织采用定期或不定期审计，时间安排比较灵活；而注册会计师审计通常是定期审计，每年对被审计单位的财务报表审计一次。
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一、区别： 注册会计师主业是审计及各种鉴证业务， 国际内审师（cia）是内部审计的一种国际性资格，协会在美国，主要从事企业内部审计工作； 二、难易度： 1、注册会计师最难，可以与司法资格考试并列的天下第一难考，考试改革后采用6+1考试，每年9月份考试，考试科目为：第一阶段，设会计、审计、财务成本管理、公司战略与风险管理、经济法、税法等6科，第二阶段，设综合1科。 第一阶段的单科合格成绩5年有效。对在连续5年内取得第一阶段6个科目合格成绩的考生，发放专业阶段合格证。 第二阶段考试科目应在取得专业阶段合格证后5年内完成。对取得第二阶段考试合格成绩的考生，发放全科合格证。 2、国际内审师比较容易些：第一部分：内部审计在治理、风险和控制中的作用，第二部分：实施内部审计业务；第三部分：经营分析和信息技术；第四部分：经营管理技术（具有注会证书或会计中级证可免考）考试每年一次，在11月下旬举行。
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内部审计与注册会计师审计都是现代审计体系的组成部分。注册会计师审计为了提高审计效率往往需要借助内部审计，而内部审计部门也经常要求注册会计师提供管理建议书。但注册会计师审计与内部审计有很大区别：①审计独立性不同。内部审计受本部门、本单位直接领导，仅仅强调与其他职能部门相对独立，与双向独立的注册会计师审计不可同日而语。②审计方式不同。内部审计根据本部门、本革位经营管理的需要自觉施行、而注册会计师审计则是受托进行。③审计内容和目的不同。内部审计的内容主要是审查各项内部控制制度的执行情况、提出各项改进措施；而注册会计师审计依据独立审计准则，主要围绕会计报表进行，是对审计后的会计报表发表审计意见。④审计职责和作用不同。内部审计的结果只对本部门、本单位负责，对外不起鉴证作用。并向外界保密；而注册会计师审计需要对投资者、债权人以及社会公众负责，对外出具的审计报告具有鉴证作用。
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